오니들과의 대전 끝난 후 터전을 재건하고 오랜 평화를 지키기 위해 닌자의 신과 사무라이 다이묘는 와노쿠니라는 나라를 세웠다. 사무라이가 나라의 최고 통치자가 되었고 닌자의 신은 기꺼이 사람들이 모르는 이 어둠 속에 숨어 나라를 지키고자 했다.

300년간 와노쿠니는 17명의 통치자를 거치면서 국가와 부족 간의 관계도 아무도 모르게 변하고 있었다. 지금의 사무라이는 점점 부패해져 가고 실력도 점점 약해지고 있자 와노쿠니의 17대 통치자인 젊은 다이묘는 닌자의 강한 힘을 두려워하기 시작했다. 닌자들이 너무 강해 자신의 지위를 위협할까 봐 두려워했으며 사무라이와 닌자의 충돌이 끊어지지 않고 있었다. 이와 동시에 오니들의 잔당들이 집합하고 다시 이 나라에 올 것이라는 소문이 퍼지면서 오랫동안 유지된 닌계의 평화가 깨졌다.